斎藤元彦・兵庫県知事をめぐる告発文書問題で、公益通報者を保護する体制整備について、斎藤知事は2025年3月26日の定例会見で、「（外部通報ではなく）内部通報に限られる」と発言したことを受け、消費者庁が「公式見解と異なる」と指摘した。
この件について斎藤知事は5月8日、「『一般的な法解釈のアドバイスだ』という認識だ」と述べた。「指摘は真摯に受け止める」としながらも、「告発文書は誹謗中傷性が高く、一連の問題に関する県としての対応は適切だった」との意見は変えていない。その根拠として、「（県議会・文書問題調査特別委員会）百条委員会でも専門家の意見がさまざまあった」としている。
斎藤知事は、公益通報者保護法の定める体制整備義務について「対象は3号通報（外部通報）も含まれるという考え方がある一方で、内部通報に限定されるという考え方もある」と述べた（3月26日、県の第三者委員会の最終報告を受けて）。
この発言に対し、公益通報者保護法を所管する消費者庁は4月8日、県の担当部署に対し、メールで「（知事が）消費者庁の公式見解とは異なる内容の発言をしている」と指摘した。さらに知事と関係部署に「外部通報も体制整備の対象に含まれる。十分にご理解いただき適切な対応を」と求めていた。
