神戸市の事件をめぐっては、記録の廃棄が2011年2月28日だったことが、新たに判明した。神戸家裁によると、事件を受理してから裁判に至るまでのプロセスを一元的に管理する旧システムを調べたところ、この事件のデータが残っていたという。旧システムは2019年8月に新システムに更新されるまで使われ、1997～2019年に起きた、9万件以上の少年事件などの氏名や生年月日、事件名などが記録されていた。
記録が廃棄されたことについて、神戸家裁には批判や意見が多く寄せられている。
28日の要望書提出の際、神戸家裁は土師さんらに対し、「内規はあっても運用する仕組みがなかった」という回答に終始し、「最高裁で事件記録の管理のあり方について有識者の意見を聞いて、今後の方針などが検討されるのを踏まえて対応する」と説明するにとどまったという。
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今回の問題を受け、土師さんが運営理事を務める一般社団法人・犯罪被害者の会（つなぐ会）は、「なぜこんなずさんな運用がなされたのか。少年審判は非公開で、当時は被害者遺族も傍聴できなかった。事件記録の廃棄によって、審判の過程を検証することが不可能になった。遺族に対する二次被害である」との抗議文を25日、神戸家裁へ提出した。
