しかし、太平洋戦争による食糧不足や旅行の自粛という困難な時代に直面し、終戦直前には神戸駅に店舗を集約した。戦後は、1965(昭和40）年に神戸名物『肉めし』、1987(昭和62）年に日本初の加熱式弁当を開発した。
1995（平成7）年の阪神・淡路大震災で被災し、神戸市内の全店舗が休業を余儀なくされる中、避難所用給食、復旧作業員給食を、1日万食供給するなどした。淡路屋のヒット商品『ひっぱりだこ飯』は、震災を乗り越える誓いを込めて、1998（平成10）年、明石海峡大橋開通を記念して販売された。
