さらに、会場・夢洲と周辺の港や施設を船で往来できる12航路について、神戸空港、神戸港、淡路島（兵庫県）、USJ、天保山（大阪市）などを選んだほか、大阪湾周遊コースも設定。これらのうち関西空港や兵庫県尼崎市、大阪府堺市との3ルートは検討を継続する。
「水都」大阪の魅力発信につなげる狙いもあり、協議会議長の内田敬・大阪公立大大学院工学研究科教授は、「夢洲だけが万博ではない。航路自体を普段体験できない関西の魅力として、楽しんでいただければ」と話した。
「水都・大阪だからこそ」との声も多く、内田教授は「会場の夢洲だけが万博ではなく、（大阪氏内中心部を流れる）大川や東横堀川の遊覧なども魅力がある」と話す一方、「運航事業者（今後選定）にとっては採算の問題があり、定期航路としては困難で、大量輸送力にはほど遠いため、ひとつの旅行商品として取り入れることが考えられる」との見解も示した。
